X档案，是调查局的一个部门，那里面贮存着几十年来遇到的无法解释的超自然现象案件……九三年九月二十世纪福克斯首播X文件，首集于当年春天开始拍摄。内容为联邦调查局特别探员史卡利被调入和另一特别探员穆德一同办理X文件。穆德应其妹莎蔓莎幼年失踪，怀疑是被外星人绑架而对研究外星人产生兴趣，联邦调查局当局希望藉史卡利的科学观点把穆德拉回主流。结果是，史卡利也陷入X文件中而不能自拔。本季内容除了外星人，还有不可解释的自然现象、基因突变的怪兽、古老的咒语与传说。本季结束于深喉咙被射杀，X文件被终结。
